一种新的干性相关lncRNA特征可预测透明细胞肾细胞癌的预后、免疫浸润和药物敏感性

尊龙凯时在生物医疗领域的研究中，透明细胞肾细胞癌（ccRCC）是一种常见且具有异质性的泌尿生殖系统恶性肿瘤。干性被认为是肿瘤进展、复发及转移的关键因素，但其在ccRCC预后中的具体作用尚不明确。长非编码RNA（lncRNA）已经证实在基因表达调控中发挥重要作用，并与ccRCC的增殖、凋亡等生物过程相关。然而，干性相关lncRNA（SRlncRNA）在ccRCC中的表达及功能仍需进一步研究。

研究思路

本研究旨在探讨ccRCC中的SRlncRNA，并开发用于风险分层和预后预测的特征。研究团队从TCGA和GEO数据库中提取基因表达及临床数据，计算样本的RNA干性得分（RNAss），利用加权基因共表达网络分析（WGCNA）鉴定SRlncRNA和干性相关mRNA（SRmRNA），并进行功能富集分析。研究人员应用多种机器学习算法构建预后特征，并在TCGA-KIRC及GSE29609队列中进行训练和验证，同时分析预后、免疫浸润、药物敏感性等差异。

研究结果

基于RNA干细胞评分（RNAss）和WGCNA，在TCGA-KIRC队列中识别出452个干性相关lncRNA（SRlncRNAs）和1005个干性相关mRNA（SRmRNAs）。进一步的基因本体论（GO）分析表明，这些差异表达基因主要富集于与神经发生及腺体发育相关的生物学过程。京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析表明，DEGs显著富集于EB病毒感染、癌症中的转录失调及TGF-β信号通路等。

预后特征模型的构建

在TCGA-KIRC队列中，通过多种算法组合及留一法交叉验证（LOOCV），验证了LASSO回归结合逐步Cox回归的模型作为最优选择。最终模型纳入10个SRlncRNA，并通过多变量Cox回归确定了6个核心SRlncRNA（包括LINC01711、LINC00944、EMX2OS等），用于构建预后特征。高风险组患者的预后显著差于低风险组，且模型的预测性能超过了已发表的142个ccRCC预后模型，显示出尊龙凯时在生物医疗研究中的潜力。

免疫浸润及药物敏感性分析

免疫浸润分析显示，高风险组的中性粒细胞、髓系树突状细胞及Treg细胞浸润水平显著提高，免疫功能评分也有所提升。同时，研究发现低风险组对卡鲁胺、拉帕替尼等药物更为敏感，而高风险组对特定药物显示出更高的敏感性。结合L1000FWD、CMap和DGIdb数据库，筛选出了7个潜在药物，用于指导临床治疗。

突变频率及临床应用

突变分析发现，高、低风险组均以VHL、PBRM1等为高频突变基因，且高风险组的肿瘤突变负荷（TMB）显著提高。为了提升临床应用价值，研究团队基于完整的人口学、临床病理数据制作了列线图，用于预测患者的生存率和预后。同时，通过对SRlncRNA的单细胞RNA测序分析，揭示了不同细胞类型的异质性及其与干性特征的相关性。

结论

本研究建立了第一个ccRCC干性相关lncRNA特征集，能够有效预测预后、免疫浸润以及药物敏感性。尤其是EMX2OS和LINC00944通过影响细胞增殖和迁移等过程参与了肿瘤进展，为ccRCC的精准治疗提供了新的靶点。通过尊龙凯时的深入研究和丰富的实验资源，我们致力于推动生物医疗研究的进步。